“阴阳”一词最早见于金文，不过当时只是在原始意义上的连用而已。阴阳概念开始被用来解释为“气”，这个概念见于《国语•周语》“气无滞阴，亦无散阳。阴阳序次，风雨时至”等的论述。
古人从每天太阳的升落、昼夜交替的节律性变化而认识到天地阴阳之更迭，世间万物变化亦与之呼应，故先祖认为阴中有阳，阳中有阴，并依次将每日分为四个阶段。“平旦至日中，天之阳，阳中之阳也；曰中至黄昏，天之阳，阳中之阴也；合夜至鸡鸣，天之阴，阴中之阴也；鸡鸣至平旦，天之阴，阴中之阳也。”即白天为天之阳，上午为阳中之阳，下午为阳中之阴；夜晚为天之阴，上半夜为阴中之阴，下半夜为阴中之阳。这或许是阴阳学产生的最初原因，也是古人对阴阳的朴素认识和基本运用。
古人对阴阳的认识逐步由天象演变扩展至季节更替和节气变化。古人认为，天地之气，合而为一，分为阴阳，判为四时，列为五行。阴阳二气同天地二气本为同一种气，只是二者所起的作用不同而已。春夏秋冬、寒来暑往是由阴阳二气运行于不同位罝决定的。阳气始出东北而南行，阴气始出东南而北行，阳气运行至正东，阴气运行至正西时，为春分，此时阴阳相半，昼夜均而寒暑平。而后阴阳二气向南行，阳气多，阴气少，相交南方，谓之夏至。然后阴阳二气分道而去，阳气西转，阴气东转，阳气至正西，阴气至正东，为秋分。渐向北行，阴气多，阳气少，相交于北方，为冬至。阴阳二气分别与春、复、秋、冬相匹配、相对应。
古人云：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。”人的生长、发育、衰老都是由体内阴阳平衡变化所决定的，生命之本，系于阴阳。古人曰：“阴者，藏精而起亟也；阳者，卫外而为固也。”阴阳互根，互不脱离。阴平阳秘，精神乃至；阴阳离决，精神乃绝。古人对阴阳互根，互不脱离的理论，有至深的理解，他们认为阳气根于阴，阴气根于阳，阴阳之理，原自互根，彼此相须，缺一不可，无阳则阴无以生，无阴则阳无以化。阴阳二气，最不宜偏，不偏则气和而生物，偏则气乖而杀物。《中藏经》中记载有“生死至理，阴阳中明，阴气不下而上，曰断络。阳气上而不下，曰绝经”。
此外，古人还观察到，人的生命体征也会随着四季节气和每日时辰的阴阳平衡而呈现规律性变化。《素问•生气通天论》说：“阳气者，一曰而主外，平旦人气生，日中而阳气降，日西而阳气已虚，气门乃闭。”如人在生病时会出现“惹”、“安”、“加”、“甚”的不同表现，早煜病人精神较为清爽（“慧”），中午病情较安定（“安”），下午傍晚时病情会加重（“加”），半夜之时病情会表现其重（“甚”）。对于病人一曰之中不同时段的不同表现，《灵枢•顺气一日分为四时》在分析其原因时,认为仍然是“四时之气使然”，“春生、夏长、秋收、冬藏是气之常也,人亦应之。以一日分为四时，朝则为春，日中为复，日入为秋，夜半为冬。朝则人气始生，病气衰，故慧；日中人气长，长则胜邪，故安；夕则人气始袞，邪气始生，故加；夜半人气入脏，邪气独居于身，故甚也”。
“阴、阳”是就生命之气的流动性质而言的，轻者为阳，重者为阴。“五行”（金、木、水、火、土）则是就生命之气的运动类型而言的，如火炎上，水趋下等。“气”与“阴阳”、“五行”本为一体。就体言，名之曰“气”；就性言，名之曰“阴阳”；就类型言，名之曰“五行”。“五行”一词最早出现在《尚书•洪范》篇。武王克殷以后，问箕子以天道，箕子答武王问，其言曰：“五行，一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土曰稼穑。润下作咸，炎上作苦，曲直作酸，从革作辛，稼穑作甘。”《洪范》中的五行思想此时尚处于原始的萌芽状态，并没有上升到哲学思辨的高度。
先民创造阴阳五行之后，便不断地对二者之间的相互关系进行思考和探索。首开阴阳与五行“合流”之先河的是史伯（伯阳父）：“夫和实生物，同则不继。以他平他谓之和，故能丰长而物归之。若以同裨同，尽乃弃矣。故先王以土与金、木、水、火杂以成百物。”韦昭注曰：“杂，合也。”例：在周幽王二年，泾、渭、洛三川发生地麄，当时认为这预示着周将亡国之兆，理由在于天地之气失去了原有的秩序，这就会影响到国家的安定。见：周幽王二年，泾、渭、洛三川发生地震，山崩川竭。伯阳文曰：“周将亡矣。夫天地之气，不失其序；若过其序，民乱之也。阳伏而不能出，阴迫而不能蒸，于是有地震。今三川实篤，是阳失其所而镇阴也。阳失而在阴，川源必塞。源塞，国必亡。”这些材料表明，当时的人已经看到阴阳与五行并存的情况，并用自然界中“阴阳”二气的消长对比来解释地梁这类灾异的现象，同时又用金、木、水、火、土“五行”的排列组合来说明世界万物的构成，这是一个相当大的进步。然而此时的阴阳五行思想毕竞还是很零碎的，仅仅局限于对自然现象的描绘和解释。
阴阳五行思想经春秋战国时期阴阳家的整合倡导，至汉统一天下之时已蔚为大观。司马谈的《论六家要旨》开始把它放到显著的位置上加以论述。至后来，阴阳五行家同儒家相结合，阴阳五行学派由子学复人经学，为今文《尚书》所传。所以，对此顾颉刚曾有过一段极为精辟的概括：“汉代人的思想骨干是阴阳五行。在宗教上、政治上和学术上，没有不用它的。”推究这种思想的原理，是由于古人对宇宙间的事物有了分类的要求。他们看见世间万物的变化，很想把繁杂的现象化作简单，想得到它们的主要原理与其主要成分，于是要分类。但他们的分类法与今日不同，当今是用归纳法，把个别的事物即异求同；而古人用的则是演绎法，即先定一个公式来支配一切个别事物。其结果是，阴阳之说统辖着天地、昼夜、男女等自然现象，以及尊皁、动静、刚柔等抽象观念；再以五行之说，金、木、水、火、土五种物质与其作用统辖时令、方向、神录、音律、肤色、食物、嗅味、道德等，以及帝王的正统和国家的制度。
阴阳五行学说在中国古代医学中具体表现为五脏、五腑、五官、五行、情志与五行的对应关系。根据五行中相生相克的规律，肝木、心火、脾土、肺金、肾水的五脏与五行格局的搭配，成为中国古代医学的思维工具。阴阳学说指出：人体外有阴阳，内也有阴阳。在外，天为阳，地为阴；日为阳，月为阴；昼为阳，夜为阴；春夏为阳，秋冬为阴。在内，五脏为阴，五腑为阳，五脏之中又分阴阳。五行学说则是在阴阳学说的基础上，进一步以五行生克制化的规律来解释脏腑的阴阳，以及对立统一之间的内在复杂关系，无论是人体的阴阳还是外在的阴阳，自然界中的五行或人体中的五行，都是在阐述人与自然界的整体观，即“天人合一”或“天人相应”。如季节对人体的影响，春天草木生发，气温变暖，万物生发，主生。夏天天气炎热，草木茂盛，动物也多，繁殖也快，所以主长。秋天天气凉爽，草木调零，树木的精华都会向根部收藏，所以主收。冬天天气寒冷，动物冬眠，人藏于室内，天地间全是闭藏之象，所以主藏。古人把人与四季的规律相对应来养生，可见，古人的“天人合一”（天人相应）的整体观是我们当代人所缺乏的。
作为中华四大医学著作的《黄帝内经》，是成功应用阴阳五行学说的典范，至今为世人尊崇与恪守。《黄帝内经》成编于汉，是中国现存最早的中医理论专著。它总结了春秋至战国以前的医疗经验和学术理论，并吸收了秦汉以前的天文学、历算学、生物学、地理学、人类学、心理学，运用阴阳、五行、天人合一的理论，对人体的解剖、生理、病理以及疾病的诊断、治疗与预防，作了比较全面的阐述，确立了中医学独特的埋论体系，成为中国医药学发展的理论基础和源泉，迄今在诊治学上仍具有指导意义。中国古代最著名的大医学家张仲景、华佗、孙思邈、李时珍等均受到《黄帝内经》思想的熏陶和影响，深得其精要。可惜的是此部经典著作中有关神学部分的内容被后世的儒学家们剔除了，所以我们今天所见到的《黄帝内经》已不完整，特别是有关心、灵两篇的遗失，造成了现代中医对癔症病人的束手无策。
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