第一，五行模型是思维模型，而不是物质模型。
“模型”一词，起源于拉丁文Modulus,原意是样本、尺度、标准。科学意义上的“模型”是人们按照某种特定的目的而对认识对象所作的一种简化的描述，用物质或思维的形式对原型进行模拟而形成的特定样态。模型可分为物质模型与思维模型两大类。通过模_来揭示原型的形态、特征和本质的方法称为模型法。
物质模型是以某种程度、形式相似的模型实体去再现原型，它既可以是人工构造的（如地球仪、船模），也可以是从自然界获取的（如动物、植物标本）。物质模型是模拟实验赖以进行的物质手段。
思维模型不是认识的物质手段而是客体在人们思想中理想化、纯化的映象、摹写。思维模型是人们在头脑中创造出来的并且运用它在思维中进行逻辑推理、数学演算和“思想实验”，可分为形象的（唯象的）模型和符号的（标志性的）模型，前者是以理想的或想象的形态去近似地反映客体的一种思想形式，后者是借助于专门的符号、线条等，并按一定的形式组合起来去描述客体的一种形式。
五行是一种典型的思维模型，五行模型是中国传统思维模型的最基本形式，它与阴阳、干支以及卦爻、河洛的配合互补，即组成了中国传统思维模沏的代表一象数思维模型。
第二、五行表示的是关系实在、功能实在，而不是物质实体、形态实体。
虽然“五行”最早指“五材”，是五种物质实体，但当它一旦成为一种思维模型，一旦成为一个重要的哲学范畴，并运用于中医及中国古代各门学科，它就不再是五种物质，不再是五种有形态结构的实体，而是变成了一种表达关系、功能的实在。用中闻传统术语说，“五行”已不再是“器”或“体”，而是“气”或“象”。
多数学者都以为“五行”（或“气”）是物质与功能的合一体，如李约瑟（J.Needham,1900-1995)解释：用“要素”或“元素”（Element)这种名称来解说“行”字，我们总会觉得它于义不足。“行”字的来源……就有“运动”的涵义。如陈梦家所说，五“行”是五种强大力童的不停循环的运动，而不是消极无动性的基本（主要的）物质。
庞朴认为“行”，即取其四通八达的名称意义，也取其流行、行用、行进的动词意义；两者兼而有之，遂由之更生发出一种全新的世界观来。
我认为，五行作为一种模型被中医广泛运用时，已不含有“元素”、“要素”的名词意义，也不是流行、运动的动词意义，它与“气”一样，作为一种模型，已不是教科书上所谓的物质与功能双重意义。从物质实体过渡到关系实在、功能实在，是“五行”、“气”的基本特性。
就“五行”与“气”的关系而言，“五行”是“气”的五种表现形式，“气”是“五行”的本质和基础。就“五行”与“阴阳”关系而言，并不是人们所认为的五行是“三”、阴阳是“二”，“二”与“三”不是一个体系。我认为，虽然“五行”与“阴阳”的来源不同，但作为一种思维方式，两者却是相通的。“三”是一种中间状态、中间关系。五行是两对阴阳加上中土，而中央土的最大功能就是协调两对阴阳的关系。加上中土使得“阴阳”模型一下予成为一个动态的“生命”模塑。这两对阴阳就是：水（阴）与火（阳）、木（阳）与金（阴）。而“阴阳”并不是简单的“二”，因为“阴阳”学说的核心是“阴”与“阳”的关系（互根、互换、互动、互变……），这种关系实际上就是“三”。因此，我们可以说，五行和阴阳都是在展现阴阳“二”的动态关系“三”，“阴阳”和“五行”并不是毫不相干的两个体系。
“五行”是“二”与“三”的巧妙相合。《老子》说：“道生一、一生二、二生三、三生万物。万物负阴而抱阳，冲气以为和。”“一”为太极，“二”为阴阳，“三”就是“冲气”，就是“和”，也就是阴阳的关系、五行的中“土”。“阴阳”只有发生关系、只有相“和”才能“生万物”。“三”对中国文化、中闻科技的影响是至为深远的，中医的三阴三阳、六气、六腑、十二经络；天文历法中的三垣、十二次、十二辰、十二建除、二十四节气（每季三个月共六节气）；音律学中的五声、十二律、三分损益法……可以说都是对“三”的运用，是“三”观念的体现。五行的基数正是“三”，五行除了分类的功用外，更重要的就是阐释“三”，就是建构宇宙万物的关系网。“五行”“三”是“阴阳”“二”的合理发展。
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