太极图的本意是为了说明宇宙的生成和演化。在太极图中，至今还存在着许多谜团，有待人们去破释。
1、古太极图的两个“鱼眼”究竟象征着什么？
我们知道，古太极图（见图3)与现代太极图（见图1)是不相同的。古太极图的两个“鱼眼”既象火把又象水滴的形状。宋代以后的太极图（即现代流行的太极图）改画成两个小圆圈，一个白一个黑。古太极图和宋代以后的太极图，为何在鱼眼的画法上有如此大的区别呢?这是自古以来，长期令人百思不解的谜团。
还有，古太极图的两个“鱼眼”，究竟象征着什么？说法不一，主要有如下两种解释：
一种意见认为，古太极图中的两个“鱼眼”象征着“水”和“火”。理由是：人类在起源问题上，与之关系最密切的是水和火，马克思认为原始人类先用了火，才有语言，才能制造工具。古希腊哲学家赫拉克利特认为，万物的本原是火。泰勒斯认为，水是万物的本原、世界万物都是从水中产生出来，最后又复归于水。孔子说民非水火不生活”(《孟子•白心篇》。管子也说过民之所急，莫急于水火”(《管子•白心篇》)。因此，古太极图的两个“鱼眼”象征着水和火，用来说明人类祖先的起源。
还有一种意见认为，古太极图中的两个“鱼眼”，象征着“光”和“气”。理由是：在“太极图说”中，“光——气学说”是它的核心内容，所谓“光”，古人最易理解它是直接的认识物，首先是太阳，继之是月亮和星星。总称“三光”。“光”是热的孪生兄弟，在“火”的运用初级阶段的认识是这样的，后来的月光如水，星星变色，都是阴阳说的说法，古人把“光”作为一种重要的物质。所谓“气”，它包括呵气、水气、空气等。呵气，需要人通过呼吸运气来感知它;水气，需要靠海水的运动和蒸气来导引；空气，需要借助于风沙、缕烟等来描述。简言之，气要从风的现象中得到认识，因此，古人谈“气”时，多是借以“风”言。如“五方”之风和“八风”等，古人把气当作物质世界的基本，即宇宙本体。总之，因为“光”与“气”这两种物质，是人类认识世界的第一道门槛，所以，它是古太极图两个“鱼眼”的象征。
到底“鱼眼”象征着什么？有待进一步去探讨。
2、为什么太极图的旋转结构同大气的对流运动如此巧合？
根据气象学的原理，大气中有垂直上升和垂直下降的气流存在，太阳辐射使地面增温。大气层的温度愈接近地面愈高。形成高层温度低与低层温度高的不稳定状态。空气热胀冷缩。热空气要上升形成高气压，冷空气要下降形成低气压，空气的上升下降产生垂直运动，与此同时产生左右之间的平流运动。一切复杂的气象，如刮风、下雨皆由此而引起•可以说，冷热不均是大气运动的基因。
大量的热空气轻而上升。由A处下升到B处，由于空气在上升过程中温度降低，气压增高，于是高气又从B处向四处流动，一部分流向C处，当A处空气上升之际，这时四周的空气就流向A处，于是D处的冷空气由C处下降来补充之，由上而下流动，上下循环流动不已，左右之间的平流运动，就同时出现，而大气的移动的路线又恰似S形。
我们再着太极图，以太极图中的白色代表热空气，黑色鱼代表冷空气，形成上升下沉的大气的垂直运动。大气除了垂直运动之外，还有水平运动，两个流动综合成环流，气象学称为“热力环流以太极图中’此消彼长、黑白回旋的S形曲线来对照大气运动中的对流和环流原理，我们发现它与大气运动有着惊人的相似之处，那么，为什么太极图的旋转结构同大气的对流运动如此恰合呢?这文是一个谜。
3、为什么太极运动的基本形态同热核子的连锬分裂现象完全相似？
太极，阴阳之转化，孕育着数理转化的法则。太极运动最基本的形态是“一分为二，二分为四，四分为八……”的连锁反应形态，如果将太极、四象、八卦、六十四卦次序，作为自然界物质的生化现象来看待，那么，它所呈现无限的等比级数分裂现象，与热核子有限的等比级数的连锁分裂现象，完全相似。这又是为什么？
4、为什么太极图的S形螺旋体的夹角同黄赤交角如此暗合？
地球绕太阳公转，同时也在自转。公转是依着公转轨道平面转动，称为黄道面，自转所遵循的平面叫做赤道平面，二者之间的交角，叫做黄赤交角。这个交角为23°26'21"。由此造成太阳直射点相应地有南北往返的移动，即回归运动。使地球表面出现春分、夏至、秋分、冬至四时季节。
由于地球自转和公转轨道面的黄赤交角，产生了一年四季的变化，而太极图的阴阳两仪的构造是S形螺旋体，其夹角在约23°左右。这是不是与黄赤交角之义暗合呢？这确实是令人深思的。
5、太极图的具体模式是地球吗？
地球在宇宙中是个天体，我们在第一章提到过，从美国“阿波罗”17登月飞船拍摄下来的照片上，淸晰地看到地球被太阳照射的地球半面一片光明，背着阳光的另一面则是一片黑暗。这明黑两部分，就是地球上时白天和黑夜。这同太极图中的黑白阴阳鱼的图象大致是一样的，是不是我们的祖先已经从太空观察到太阳照射地球的情形，然后用太极图加以表示呢？这也有待于人们今后表研究和证实。
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